Viborg là một trong các thành phố lâu đời nhất Đan Mạch, từ thời đại Viking thế kỷ thứ 8. Do vị trí ở trung tâm bán đảo Jutland, thành phố có tầm quan trọng chiến lược về chính trị và tôn giáo trong thời trung cổ. Tên thành phố, qua thời gian được thay đổi từ Wibiærgh, Wybærgh, Wiburgh rồi chữ latin Wibergis, có ý nói tới nơi được hiến dâng để thờ Chúa, trong đó Vi trong tiếng Đan Mạch cổ có nghĩa là nơi thiêng liêng.

Trong thời trung cổ thành phố có các bờ lũy ở phía nam, phía bắc và phía tây; phía đông là các hồ Viborg. Lối vào thành phố thông qua 5 cổng thành ở đường phố Skt. Mathias, đường phố Skt. Mikkel, đường phố Skt. Hans, đường phố Skt. Mogen và đường phố Skt. Ibs.

Thành phố đã là trụ sở của Hạ viện (cũ) của Đan Mạch, từ thời vua Knud Cả trong thế kỷ 11. VuaMagnus den Gode (vua Na Uy và Đan Mạch) đã được Hạ viện ở đây hoan hô năm 1042 và cho tới thế kỷ 17, Hạ viện này đã tham gia việc đề cử các vua Đan Mạch.

Giám mục Tin Lành Hans Tausen đã cư ngụ trong Tu viện thánh Phanxicô ở Viborg từ 1525-1529. Năm 1836 thành phố đã dựng 1 đài kỷ niệm Cuộc Cải cách sang đạo Tin Lành, do nhà điêu khắc H.E. Freund thực hiện.

Cho tới năm 1848 Viborg là trụ sở của Stænderforsamling (tương đương Hội đồng Cố vấn Vương quốc), từ đó thêm các cơ quan khác như Kreditforeningen (Hiệp hội tín dụng) và Hedeselskabet (tương đương Hội kinh doanh và phổ biến kiến thức mới). Năm 1864 khai trương tuyến đường sắt từ Viborg tới thành phố Skive. Nhà ga xe lửa đầu tiên được đặt ở bên Søndersø, nhưng năm 1896 người ta đặt tuyến đường sắt ở phía tây nam thành phố và nhà ga mới được xây cùng năm ở vị trí hiện nay.

Từ 1765 thành phố trở thành quân trấn, nhưng từ 1865 tới 1999 các trại quân bị dẹp bỏ.

Thành phố cũng là trụ sở của Văn khố quốc gia vùng Bắc Jutland. Nhà của Văn khố được xây xong năm 1891, do kiến trúc sư Hack Kampmann thiết kế.